亳州职业技术学院前身是1987年创办的合肥工业大学亳州教学点和1989年设立的安徽教育学院亳州教学点。在此基础上，1996年成立亳州工业学校，2003年升格更名为亳州职业技术学院。学院占地面积560亩，总建筑面积近23.2万平方米，是一所以药学类专业为龙头，医护、信息、管理类等专业为支撑的综合类职业院校。
学校开设有药学院、医护系、管理学系、电子与电气工程系、信息工程系、建筑工程系、基础教学部等六系一部49个专业，其中服务亳州中医药等十大产业的相关专业35个，已成为全省唯一一所主打中药品牌的高职院校。现建有央财支持专业建设项目2项，央财支持实训基地建设项目2项，省级特色专业8个，省级综合改革试点专业4个。建有国家级实训基地2个，省级实训示范中心8个。
现有各类在校生7045 人，其中中医药特色和大健康产业链相关专业学生数占全院学生总数的70%。学院以“培养学生就业竞争力和发展潜力”目标，“十二五”期间，在全国职业技能大赛中，荣获一等奖1项；二等奖5项；三等奖8项。在省职业技能大赛中也多次获奖。毕业生就业率一直保持在98%左右，创业率2.5%，对口就业率保持在85%左右。2011年、2012年，学院连续两年荣获“安徽省普通高等学校毕业生就业工作先进集体”荣誉称号。
起，与安徽中医药大学联合举办中药学专业专升本班，在全省67所高职院校中率先举办全日制本科教育，现连续招生两届，共117人。与安徽中医药大学开展在职研究生专业学位教育，与沈阳药科大学、合肥工业大学开展本科层次函授教育，目前在籍学生1000余人。
学院现有教师382人，其中教授、研究员和主任医师等正高级职称人员 17人,副教授、副研究员、副主任医师、高级工程师等副高级职称人员64人，享受市政府津贴教授3名；省级教学名师2人，省级专业带头人2人，省级教坛新秀6名，市级专业技术拔尖人才1人，市级学术和技术带头人9人，硕士学位及以上教师158人。
学院是安徽省自主招生改革试点院校，安徽省高职院校A联盟成员单位，安徽省市属高校联盟首届轮值主席单位，淮海经济区高职院校协作会理事单位。安徽省就业先进单位、安徽省绿化工作模范单位、安徽省红十字先进模范校、安徽省A级大学生创业孵化基地，第五届、第六届亳州市文明单位。
“十三五”期间，学院将围绕建设“地方技能型高水平大学”这个总目标，坚持以学生为中心的办学理念；坚持以党建工作为统领，抓规范、建机制、打基础；坚持走内涵式发展道路，着力培养学生的就业竞争力和发展潜力；坚持改革创新，全面提高办学水平。
