投档原则、志愿数量不同。顺序志愿的投档原则是“按照志愿从高分到低分投档”，而平行志愿的投档基本原则是“按分排序，遵循志愿”。平行志愿录取办法每批次只设置一个平行院校志愿、一个征求平行院校志愿及院校服从志愿。传统志愿每批次设置第一至第四志愿及服从志愿。
1、平行志愿与顺序志愿的区别
1)投档标准不同：平行志愿分数优先，以考生为维度进行排序;顺序志愿志愿优先，以院校为维度进行排序。
2)投档过程不同：平行志愿考生多次检索机会，一次投档机会;顺序志愿考生多次检索机会，多次投档机会。
3)选择院校不同：平行志愿都是第一志愿，梯度较小;顺序志愿须选择符合二志愿特征的学校，梯度较大
2、平行志愿投档规则
所谓平行志愿，即一个志愿中包含若干所平行的院校。平行志愿按照“分数优先，遵循志愿”的原则进行投档，对同一科类分数线上未被录取的考生按总分从高到低排序进行一次性投档，即所有考生排一个队列，高分者优先投档。每个考生投档时，根据考生所填报的院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的院校。
例如，本科层次的平行志愿设置四个院校志愿，也就是考生的第一志愿可以填报A、B、C、D四个平行的院校志愿，计算机进行检索时，不分院校而是分文科、理科按考生成绩进行排位，然后由计算机按排位高低次序依次检索每个考生所填报的志愿，即遵循“分数优先”的原则。当检索到某个考生所填报的志愿时，计算机同时分析判断该考生填报的ABCD四个志愿院校的预投放档案数是否已经达到应投档案数上限，判断的结果可分为以下三种，并分别按以下方式处理(如上图)：
1.院校志愿中只有一个院校尚未满额，则将考生档案预投放到该院校;
2.考生所填报院校中有多个院校尚未满额，则将考生档案预投放到按ABCD顺序排序靠前的那所院校，即对考生来说，所填报的志愿是有顺序的，当符合多所院校的投档条件时，计算机总把档案预投放到最靠前的那个志愿院校，体现“遵循志愿”原则;
3.考生所填报的所有院校的预投放档案数已达到或超过应投档案数，则该考生档案无法投出，只能参加征集志愿。
无论计算机分析判断的结果是上述哪一种，对这个考生来说，考生档案检索过程结束。待所有考生检索完毕，计算机将一次性正式投档给各个院校。
平行的另一个含意是，对招生院校而言，不管考生是被投到ABCD哪个院校，都是学校的一志愿考生。
例如，平行志愿模式下，轮到小王时，计算机同时检索小王所填报的ABCD四个院校志愿，发现B、C、D三所院校都未满额。也就是说，小王符合B、C、D三所院校的投档条件，这时计算机将把小王的档案预投放到排序靠前的那所院校，也就是B院校。等待所有考生检索完毕，计算机将一次性正式投档给各个院校，小王的档案将投给B院校。
3、顺序志愿投档规则
顺序志愿是指在同一个录取批次设置的多个院校志愿有先后顺序，如第一志愿、第二志愿等，每个志愿只包括一所院校。顺序志愿的投档原则是“志愿优先，从高分到低分”，把考生的高考志愿作为录取投档的第一要素，最大程度地满足考生的志愿要求。顺序志愿投档时，对选报同一志愿院校的考生按院校确定的录取原则、调档比例从高分到低分进行投档，也就是说每所院校各排各的队。
顺序志愿的投档原则是“志愿优先，从高分到低分”，把考生的高考志愿作为录取投档的第一要素，最大程度地满足考生的志愿要求。对选报同一志愿院校的考生按院校确定的调档比例从高分到低分进行投档，第一志愿录取结束后再进行第二志愿投档录取。举个例子来说，一旦考生将某高校放在第二志愿，即使你分数再高，如果该校一志愿已经招满了且不预留招收二志愿的名额，你的档案也不会投向该校。
例如，理科考生中有200个考生第一志愿填报了北京大学，300个考生填报了清华大学。若北京大学招生计划为30人，把这200人的成绩从高分到低分排队，计算机按1∶1.2的比例将排在前面的36名考生档案投给北京大学;若清华大学招生计划为40人，把这300人的成绩从高分到低分排队，计算机按1∶1.2的比例将排在前面的48名考生档案投给清华大学。
这种投档办法的第一步是对所有批次分数线上的考生按其第一志愿投档，投档后所有考生的第一志愿学校都必须返回确切的投档结果(包括被学校录取、退档、分数未达学校提档线没能投出)后，第二步再将所有未录考生重新汇总，然后再同时分别投向他们所报的第二志愿学校。
“顺序志愿”实际上就是按“志愿+分数”投档，游戏规则明确，最大限度地保证了程序公平。但问题也是显而易见的：
首先是强化了志愿的作用，因为是先按志愿分别排队，考生能否被所报志愿录取，不完全取决于考试成绩，实际上是取决于与自己分数大体相当的其他考生的志愿，如考生志愿一旦扎堆，学校提档线会大幅提高，转而次年又可能大幅下降，使得考生填报志愿，尤其是第一志愿的填报有一定的偶然性，甚至不失博弈色彩;
再者就是如果考生未被第一志愿录取，当填报的第二志愿的学校已经录满其他第一志愿的考生时，该生最后的录取结果可能使他感到很大的心理落差。
平行志愿的投档原则是“分数优先，遵循志愿，一次投档”。对同一科类批次线上未被录取的考生按成绩从高分到低分排序进行一次性投档。本科平行投档时根据考生所填报志愿院校顺序，投档到排序在前且有计划余额的高校。分数优先，是指招办按考生总分排序后依次投档，比如说，某考生所报志愿为A、B、C、D等四所院校，录取时，批次线上考生先按分数大排队，然后由计算机逐一检索考生志愿，如果考生符合A校投档条件，则投档到A校;如果不符合A校的投档条件，则检索B校，若符合投档条件，则投档到B校，若不符合，继续检索，依此类推，直到检索到考生分数符合的院校后，将其投档至该校。档案一旦投出，即不再检索该生其它志愿。
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平行志愿专业录取顺序是分数排序、检索分档、招办投档、高校录取以及考生确认。省招办会依据“分数优先、遵循志愿”原则进行投档，在省招办将考生成绩投档至某一高校后，各高校依据各专业录取分数线进行专业调配。
