生育期间的工资应该是由社保机构核发的，社保局考虑到有些公司会在妇女生产期给到员工工资，所以社保局把生育津贴打到公司账户，公司有权扣除其在你生产期间发给你的工资总额，但是剩余部分还是应该给到你。
生育津贴大于生产期间公司发你的工资总额时，大于部分应该给到员工。
生育津贴小于生产期间公司发你的工资总额时，公司可扣下所有生育津贴。
一、案情背景简介
根据我国《企业职工生育保险试行办法》的规定，女职工生育按照法律、法规的规定享受产假。产假期间的生育津贴按照本企业上年度职工月平均工资计发，由生育保险基金支付。
国家统计局《关于工资总额的规定》中规定，工资总额由下列六个部分组成：(一)计时工资;(二)计件工资;(三)奖金;(四)津贴和补贴;(五)加班加点工资;(六)特殊情况下支付的工资。而特殊情况下支付的工资，是指根据国家法律、法规和政策规定，因病、工伤、产假、计划生育假、婚丧假、事假、探亲假、定期休假、停工学习、执行国家或社会义务等原因按计时工资标准的一定比例支付的工资。据此，生育津贴带有社会保险和工资的双重属性。如果用人单位依法为职工缴纳了生育保险，生育津贴有社保基金支付，用人单位无须另行支付;如果用人单位没有参加生育保险，用人单位则应按照生育津贴的标准向职工支付生育期间的工资。因此，单位要求以生育津贴抵补已经支付的工资，是完全合法的。当然，如果单位支付的工资低于生育津贴，你可以要求享受生育津贴而退回工资。
二、产假期间工资与生育津贴的差异
1、生育津贴为女职工产假期间的工资，生育津贴低于本人工资标准的,差额部分由企业补足。
2、产假期间工资是否应当扣税;《财政部 国家税务总局关于生育津贴和生育医疗费有关个人所得税政策的通知》：根据《中华人民共和国个人所得税法》有关规定，经国务院批准，就生育津贴和生育医疗费有关个人所得税政策通知如下：生育妇女按照县级以上人民政府根据国家有关规定制定的生育保险办法，取得的生育津贴、生育医疗费或其他属于生育保险性质的津贴、补贴，免征个人所得税。
《劳动法》第五十一条规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”
《北京市工资支付规定》第二十三条：“劳动者生育或者施行计划生育手术依法享受休假期间，用人单位应当支付其工资。劳动者因产前检查和哺乳依法休假的，用人单位应当视同其正常劳动支付工资。”其他地方也有类似规定，如：《深圳市员工工资支付条例》第四条、第二十二条规定，标准工资，是指员工在正常工作时间内为用人单位提供正常劳动应得的劳动报酬;员工依法享受产假、看护假、节育手术假等假期的，用人单位应当视为提供正常劳动并支付工资。 《广东省工资支付条例》第十九条规定：“劳动者依法享受法定休假日、年休假、探亲假、婚假、丧假、产假、看护假、计划生育假等假期期间，用人单位应当视同其正常劳动并支付正常工作时间的工资。”
三、生育津贴：生育当月缴费基数/30产假天数
实际工作中，可以有如下两种操作办法：
(1)女职工产假期间先行发放产假期间工资(就是固定工资部分，不含奖金和与工作有关的补贴);待生育津贴申领到帐后，进行对比：如果已发工资低于生育津贴，那么将差额部分一次性补发;如果已发工资高于生育津贴，那么不再补扣差额部分。
(2)先计算能够申领的生育津贴，从财务借款发放;等到申领完毕后社保支付生育津贴冲抵借款。同时，应该将产假期间工资与生育津贴进行对比，补差发放。
注：以上两种方式，都是采取了先发放的方式，因为如果等到生育津贴申领下来才发放，女职工将有几个月领不到工资，这样做不合适，而且也会引起员工不满。
四、律师说法
社保机构按规定标准拨付给用人单位的职工生育津贴，用人单位必须用于职工在生育、产假内应享受的工资及福利待遇。拨付费用低于职工本人工资的，其差额由单位补足;高于职工工资的，结余归入单位的职工福利费。也就是说，单位支付了产假工资就无需再向个人支付生育津贴。但产假工资低于生育津贴，单位应补足差额，若高于生育津贴，单位不得克扣。
河南省产假规定——《河南省人口与计划生育条例》(11月25日河南省第十一届人民代表大会常务委员会第二十四次会议《关于修改〈河南省人口与计划生育条例〉的决定》第二次修正，11月25日河南省第十一届人民代表大会常务委员会公告第58号公布 自公布之日起施行)第五章第三十三条规定：
国家机关、社会团体、企业事业单位职工，实行晚婚的，除国家规定的婚假外，增加婚假十八天;实行晚育的，除国家规定的产假外，增加产假三个月，给予其配偶护理假一个月;婚假、产假、护理假期间视为出勤。
生育津贴为女职工产假期工资，产假期不重复享受工资待遇。月生育津贴标准为本人生育或流产、引产前12个月的平均缴费工资额;缴费不足12个月的，按实际缴费月的平均缴费工资额计算。
生育津贴不等同于产假工资。支付生育津贴的主体是生育保险经办机构，支付工资的主体是企业，二者不可以相互代替。根据相关规定，社保机构按规定标准拨付给用人单位的职工生育津贴，用人单位必须用于职工在生育、产假内应享受的工资及福利待遇。因此，生育津贴是拨付给用人单位而非劳动者的，生育津贴和产假工资不可兼得。
既然二者不可兼得，那么如何选择呢?由于生育津贴的计算方法是按照女职工本人生育当月的缴费基数除以30再乘以产假天数计算的。因此，部分企业为了降低成本，缴费基数往往会低于女职工本人工资，造成生育女职工在产假期间领到的生育津贴低于提供正常劳动后所获得的月工资。由于法律把生育女职工依照法律规定休产假视为提供了正常劳动，如果生育津贴低于月工资，实际上侵害了生育女职工的合法权益。因此，某些地区规定了生育女职工在工资和生育津贴二者之间，享受数额较高的待遇，产假工资低于生育津贴，单位应补足差额。所以，如果女职工在休产假期间实际领到的款项比应该支付的工资低，可以要求单位补足差额。
