萨本栋本有机会离开中国。
他1922年5月从清华毕业，7月赴美留学，两年后就读完工学本科，又过了三年，便拿下了理学博士学位。毕业后的工作也很牛??在大名鼎鼎的西屋电气做研究员。
但1928年，他的精神偶像叶企孙亲自聘他，要他回国当清华的物理教授，萨本栋二话不说，整装回国。
他心里一直憋着气。那时美国排华严重，他求学时就默默隐忍，和其他留学生一道组成西部中国留学会，要以自尊自爱的风范“改换西人看不起中国人之谬见”。后来他攻下理学博士，又进了西屋拿高薪，已经是美国人眼中的佼佼者，但是心里还是念着一句，“为贫穷的中国争气”。
回国后他果然争气。他课讲得好，年纪轻轻就在名师云集的清华物理系崭露头角，学生评价他是“站在本系第一道大门上的人”，不到两年，他就入选清华教授评议会，是14位委员中最年轻的一位。
也正是他年轻有为，一腔热忱，陈嘉庚的厦门大学办不下去移交公办之时，国民政府找到他，要他接任厦大校长。他那时正值学术研究黄金年龄，但又不忍弃国不顾，抱定“个人牺牲非所当惜”的心情，临危受命，国民政府教育部遂下了聘书。
下聘书那天又是什么时候呢？1937年7月6日。
35岁，顶着全国最年轻大学校长的名号，萨本栋这一去厦大，就面临着全面抗战爆发的严峻形势，人还没认全，就立刻要准备迁校。他进入校长角色极快。战火9月刚烧至厦门，他便将厦大先行迁入时为公共租界的鼓浪屿，并立下誓言：“未到‘最后一课’的时候，就要上课！”随后为彻底解决安全问题，他力排众议，亲自选定长汀为厦大迁校最终目的地。在他的周密策划和组织下，仅用20多天，厦大就将全部家当搬至长汀，师生也流失甚少。
那时长汀不过一山区小镇，满目荒凉。悲鸣声中，萨本栋不为所动，说：“本校遭此劫后，更下最大决心，共同奋斗以期克敌制胜，再图复兴，重加建设。”此后8年，他励精图治，以身作则，在长汀办起一所一流大学。他的人格在这8年里充分体现。国民党特务来抓进步学生，他怼回去：“我为一校之长，家长把子女交付于我，我自当全力保护！”汪精卫要投敌，他携全体教授发通电：“汪氏此举，实属丧心病狂，置国家民族于不顾。”他要学生时时谨记：“我们对暴日只能‘抗’战而不能作‘惩罚’战的主要原因之一，是我们的学术至今尚未独立，我们民众技能的水准，几百年来未曾提高。”
在萨本栋任内，厦大由迁入长汀时的全校师生不过200余人，发展到1945年已成为拥有4个学院15个系的综合大学，教授、副教授94人，学生达1044人，成为南方高等教育的重镇。
很难想象，萨本栋去世后，人们对他的怀念中，居然会出现这样的悲叹：“他是被活活累死的。”
从过往的经历看，萨本栋无论如何都不会是因累辞世。他身体很好，1913年11岁考入清华，受益于清华体育宗师马约翰的教导，成为清华不可多得的体育尖子，不仅入选网球校队，还多次捧回荣誉。即便在毕业多年后回归清华担任教职，他和哥哥萨本铁的网球对抗，也因精彩纷呈，时常吸引人们的观看。
但他真的就过劳辞世。他长期患有胃病，为办好厦门大学忍痛不治，直到1948年病情恶化才赴美求医，却已是胃癌晚期。1949年1月，不到47岁的萨本栋与世长辞。
他逝世后，叶企孙极为惋惜。敬佩萨本栋爱国情怀的叶企孙叹息道：“尤其令人伤心的是他刚刚死在中国逢到大转变的时候，他没有看到新中国的建立，没有参加新中国的建设。”1949年秋天，厦门大学将他的骨灰安葬在校园内，永留纪念。
