上海中医药大学优势专业有：
学校现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；上海市重点学科9个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第五期重点学科5个。教育部高等学校重点学科（国家级重点学科）3个：中医外科中药学中医内科上海市重点学科7个：中药学（重中之重学科）、中医内科学、中医系统实验方剂学、中医医史文献学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医外科学
本科类
- 医学
- 食品卫生与营养学 | 中医学 | 针灸推拿学 | 中西医临床医学 | 药学 | 中药学 | 康复治疗学 | 护理学
- 管理学
- 公共事业管理
专科类
- 生化与药品
- 中药制药技术
- 医药卫生
- 护理类(中外合作办学) | 医疗美容技术
