农村宅基地使用权确权登记发证是农村土地制度改革的基础，也是不动产统一登记的重要内容。
房地分离增加确权难度
房屋是农民私有财产，享有所有权;而宅基地所有权属于集体，农民个人仅享有使用权，且不准随意出卖和出租。同时，房屋所有权原登记部门为房产部门，宅基地审批、确权和登记则由国土资源部门承担。
“一户一宅”政策难以把握
因为农户界定比较模糊，“户”的弹性太大，使宅基地确权遭遇挑战。本属于一户的夫妻之间、父母与子女之间单独立户，并按户口簿分割房产，一个家庭中每人一本户口簿的现象屡见不鲜。
农房私自流转后宅基地难以确权
尽管政策规定宅基地使用权不允许随意转让。但目前农村特别是城乡结合部农村房屋私下交易非常普遍，甚至有些转让给城市人口。这给农村宅基地确权带来了极大的阻力。
附属设施用地难以纳入宅基地
现实中，农民建好房后，往往会另外建设厨房、杂屋等附属建筑。哪些附属设施用地应该纳入宅基地范围?如何给这些设施用地确权登记发证?在确权登记过程中难以把握。
农村宅基地确权发证的问题：
1、宅基地申请确权需要提供什么资料(需要先走申请流程)
(1)土地登记申请书(国土部门印发，土地使用权人填写并签章);
(2)申请人身份证明材料(户主身份证正反面复印件、户口本中所有家庭成员复印件);
(3)土地权属来源证明;初始登记提供土地批复、宅基地审批表，换发证书提供原土地使用证，涉及转让(买卖)、继承(原权利人死亡)、赠与、置换(互换)，户主更名、原土地证户主名称有误更正、争议纠纷已调处等原因发生的变更登记以及丢失补证还应提供下列土地权属来源的证明材料：
(4)地籍调查表、宗地图及宗地界址坐标;
(5)地上附着物权属证明;
2、确权所需地籍调查费、工本费是否需要农民掏钱
为减轻农民负担，落实中央支农惠农政策，保证农村宅基地使用权登记发证工作的顺利进行，对登记颁发农村宅基地《集体土地使用证》的地籍调查费、工本费一律免收。
3、耕地上已建成住宅如何处理
(1)符合土地利用总体规划、村庄和集镇规划的，按照法律、法规规定的程序，经补办用地批准手续后进行登记发证。
(2)不符合土地利用总体规划、村庄和集镇规划的零星宅基地，只统计备案，不予登记发证。
4、超占面积的如何处理
(1)1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，农村村民建房占用的宅基地，《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的，可以按现有实际使用面积进行登记。
(2)1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《中华人民共和国土地管理法》实施时止，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，超过部分按当时国家和地方有关规定处理后，可以按实际使用面积进行登记。
(3)1987年《中华人民共和国土地管理法》实施后，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，按照实际批准面积进行登记，其面积超过各地规定标准的，可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积，待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府依法实施规划重新建设时，按有关规定作出处理，并按照自治区规定的面积标准重新进行登记。
5、实测面积与老宅基证不符如何确权发证?
(1)如果实测面积大于或等于原发证面积时，按原发证面积确权登记换发证书。并在土地证记事栏中注明超占的面积。
(2)如果实测面积小于原发证面积时，按实测面积确权登记换发发证。
(3)对实测面积与原发证面积相差较大的宗地要实地查清面积有出入的具体原因，填写到情况调查表备注栏里。
(4)对未审批发证的宗地，严格按照《土地管理条例》规定的宅基地审批权限，结合实测面积批量补报批发证。
(5)申请书、宗地图、地籍调查表中宗地面积按实测面积填写，地籍调查表中批准面积、土地审批表及土地使用证中使用权面积按审批面积。
6、、闲置的宅基地如何确认
对已取得《集体土地使用证》，但已满二年未建房的宅基地，由集体经济组织收回土地使用权，并报市、县(区)级人民政府批准，注销其土地登记。农户再申请宅基地建房时，重新依照审批程序批准，待房屋建成并实地检查合格后，按照有关规定登记发证。
7、宅基地转让的情况如何处理
(1)已经发生转让且受让人在本村有户口的，按照一户只能拥有一处宅基地的法律规定，可以进行登记发证。
(2)已经发生转让但在本村无户口的，只统计备案，不予登记发证。
8、权属调查中遇一户多宅的情况如何处理
需查清其情况是继承还是其它原因，再判断其是否可以办理两证。举例：如果户主已有一处房屋，且还有一处是继承的房屋，房屋在无改建变动的情况下，除继承可以为其确权发证，其它情况只调查登记，不确权发证。
9、一户多宅，已经拥有两个宅基地证书的情况下如何处理
(1)调查其宅基地来源是否合法，且证、地相符者只换发其中一处(本人选择)宅基地使用证。如符合继承、赠与条件，且子女已分独立户口且未分配宅基地的，经村委会审核同意，可将另一宗宅基地变更登记给子女。
(2)调查后发现宅基地来源不合法，且证、地不符者，不予确权登记，并注销违规办理的土地使用证。
