各地医疗费用的结算程序不同，结算标准和办法不同，付费方法不同，但归纳起来无外乎两种结算方式：
一是采用预付制。
二是采用后付制。预付制是指在医疗服务发生之前，医疗保险机构向定点医疗机构或用人单位按一定的标准预先支付费用。采用预付制结算办法的，医疗保险机构根据与定点医疗机构和用人单位签订的职工医疗保险合同或根据地方政府的有关规定，通过“暂付款”科目将所需款项付给医疗保险机构和用人单位，借记“暂付款”科目，贷记“银行存款??支出户”科目。
定期报销时，按照规定的医疗保险费开支范围和标准，审核医疗保险享受人员的医疗费支出数和用人单位医疗保险费报销数额，借记“社会统筹医疗基金支出”、“个人帐户医疗基金支出”、“离休人员医疗基金支出”科目，贷记“暂付款”科目。后付制是指医疗服务发生以后，根据服务发生的费用或者服务发生的量进行付费的方式。
采用后付制结算办法的，先由医疗机构和用人单位垫付，报销时，医疗保险机构按规定的开支范围和标准进行审核，将款项付给定点医疗机构和用人单位，借记“社会统筹医疗基金支出”、“个人帐户医疗基金支出”、“离休人员医疗基金支出”科目，贷记“银行存款??支出户”科目。
